基础医学院前身是成立于20世纪80年代初的基础部，2000年由基础部、社科部、德育教研室、体育部组建基础学院。2002年12月，在基础学院、第一临床学院、第二临床学院、儿科临床学院基础上组建了临床医学部。2004年6月易名为“温州医学院医学部”。2005年7月，撤销“温州医学院医学部”，分设“温州医学院第一临床医学院”、“温州医学院第二临床医学院”、“温州医学院基础医学院”。

基础医学院现拥有法医系和人体解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学、微生物与免疫学、寄生虫学、病理生理学、核医学等教研室，还设有机能实验中心和基础医学实验中心,现有一级学科硕士点1个（基础医学），二级学科硕士点9个（病理学与病理生理学、病原生物学、免疫学、解剖学与组织胚胎学、生理学、核医学、法医学、放射医学、医学生物化学），有省级精品课程5门、市级精品课程5门、校级精品课程4门。学院现有专职教师122人，其中专任教师97人，高级职称比例为47.42%，研究生学位比例为76.28%；实验系列专技人员15人，高级职称比例为26.67%；研究生学位比例为40%。

我校是浙江省唯一开设法医学专业的高校。基础医学院现有全日制在校生近89名，法医学专业依托附属医院和浙江省公安机关各刑事技术研究所及多家司法鉴定机构作为实习基地，此外司法鉴定中心、法医物证实验室、法医病理实验室、硅藻实验室、法医图像分析实验室、法医毒物实验室等多个专业实验室为法医学专业提供了优良的教学和实验条件。

基础医学院目前正在成为浙江省法医学人才培养基地以及基础医学教学和科研基地。